世界各地のサンゴ礁でオニヒトデによる造礁サンゴの食害も問題となっている。オニヒトデは大型で、毒の棘が全身に生えているため、駆除も難しい。オニヒトデの天敵は造礁サンゴで、オニヒトデ浮遊幼生を造礁サンゴポリプが食べて相互の天敵関係となる。ホラガイがオニヒトデの天敵であるという説があるが、ナマコやウニなども捕食する他、１個のオニヒトデを消化するのに１週間かかると言われており、大発生したオニヒトデの前では天敵となり得ない。しかしホラガイの実はおいしくて食用利用され、貝殻もきれいなので高価に取引され、これらがホラ貝の減少を招いている事実もある。ホラガイの種苗生産技術は確立していない。
ダイバーにとって一種の憧れであるメガネモチノウオ（ナポレオンフィッシュ）は、高級食材としても有名である。これを漁獲するためにシアン化カリウム（青酸カリ）を使用する漁業者がおり、そのためにインドネシアなどのサンゴ礁はぼろぼろになっている。
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環境保護活動や環境教育イベントとして、サンゴの移植が行われることが多いが、移植した海域の環境条件がサンゴの育成にとって好ましくなければ、結局そのサンゴは死滅してしまうこと、親サンゴ（ドナー）を損傷する恐れがあることなどから、日本サンゴ礁学会ではサンゴの移植を奨励していない。このことから、2004年11月、日本サンゴ礁学会は造礁サンゴの移植に関してのガイドラインを発表した。